Die auf dem Hochmünster stehende Orgel aus der Orgelbauwerkstätte Klais (Bonn) stammt in ihrem älteren Teil von 1939. Diese Orgel war bereits eine Erweiterung einer Orgel des Linnicher Orgelbauers Wilhelm Korfmacher von 1845/47 auf 65 Register. Zusätzlich zu zwei großen Orgelgehäusen im Nordwest- und Südwestjoch wurden zwei sog. Schwalbennestorgeln hoch an den Ostpfeilem des Oktogons verteilt.
Bei der 1991-1993 von Grund auf restaurierten und auf insgesamt 97 Register erweiterten Orgel wurden die Standorte der Teilwerke Nordost und Südost beibehalten, während die Schwalbennestorgel abgebaut und in erweiterter Form an der Raumgrenze Oktogon Chorhalle ihren neuen Platz fand. Als selbstständige Orgel, jetzt Hochmünsterorgel genannt und von einem eigenen Spieltisch mechanisch bespielbar, bildet sie gleichzeitig auch einen Teil der Hauptorgel.
2018 wurde die Hauptorgel um drei neue romantische Klangfarben ergänzt (Gambe 8′, Flûte harmonique 8′, Tuba 8′)
Die Orgel stammt vom norditalienischen Orgelbauer Cesare Zoboli, der Mitte des 19. Jahrhunderts eine größere Anzahl von Orgeln in der Region Emilia-Romagna erbaut hat.
Das Entstehungsdatum der Orgel dürfte um 1850 liegen. Die Orgel vereinigt die Elemente der klassischen italienischen Orgel – lückenloser Prinzipalchor, in Einzelregister gegliedert, zusätzlich ein dreifaches Ripieno als Klangkrone. Zusätzlich zum Ripieno kommen typische Register der Romantik hinzu: Viola, überblasende Flöte, Prinzipalschwebung und als Besonderheit eine in Fagott und Trompete gegliederte Zungenstimme.
Das Instrument war an seinem ursprünglichen Aufstellungsort bereits vor mehreren Jahrzehnten unbrauchbar geworden. Das Gehäuse ging damals verloren. Das Pfeifenwerk sowie die Windladen und die Spieltraktur entstammen jedoch aus der Entstehungszeit.
Der ehemalige Diözesanbaumeister Franz Reidt entwarf das Orgelgehäuse im Stile der oberitalienischen Schrankorgel mit ihren klassizistischen Elementen und Formen.
Die Orgel stand viele Jahre lang im Sechzehneck des Aachener Doms, seit 2010 steht sie im oberen Gang der Nikolauskapelle.
Seit dem Jahre 2004 steht für die Vespergottesdienste und die Domkonzerte ein Orgelpositiv zur Verfügung. Es wurde erbaut von der Firma Martin Scholz, Mönchengladbach.